Schon vor Tausenden von Jahren fanden indigene Stämme die Gegend an der Südküste Brasiliens mit den vorgelagerten Inseln prädestiniert für eine Ansiedlung. Auf dem Berggipfel über der Lagune Conceição fand man große Findlinge, die schätzungsweise 5000 Jahre alt sind. Von dieser frühen Besiedlung finden sich wenige Spuren. Bekannt dagegen ist, dass die Carijò Indianer an der Küste lebten, als im Jahr 1515 die Überlebenden einer gescheiterten spanischen Expedition auf der Insel blieben und in die indianische Gesellschaft integriert wurden. Ihren Namen, Santa Catarina, bekam die Insel von dem venezianischen Seefahrer und Entdecker Sebastiano Caboto, der 1526 auf einer spanischen Expedition nach Argentinien hier vorbeikam.

Ende des 16. Jh. wird die ganze Gegend von den blutigen Machtkämpfen der Spanier und Portugiesen erschüttert. Die Indianer dürfen per Gesetz 1595 als freie Menschen nach Santa Catarina zurückkehren. Im Verlaufe der nächsten 50 Jahre erfährt die Region einen wirtschaftlichen Aufschwung und eine friedliche Migration von Portugiesen aus dem Norden, die Handelsbeziehungen florieren. Der wohlhabende Francisco Dias Velho gründet 1645 eine Siedlung auf der Insel mit Namen Nossa Senhora do Desterro - das erste Florianopolis. Das Gründungsjahr von Florianopolis wird auf 1726 datiert, denn in dem Jahr wird Nossa Senhora do Desterro zur Vila, in den Stand eines Dorfes, erhoben. Brigade-General José da Silva Pais wird Gouverneur der Insel, die er zu einem befestigten Militärstützpunkt ausbaut.

Nach der vollständigen Zerstörung der Vila 1777 durch den Gouverneur von Buenos Aires, betrieb man verstärkt die Besiedlung und die landwirtschaftliche Erschließung der Küste mithilfe portugiesischer Siedler von den Azoren. Brasilien proklamierte seine Unabhängigkeit von Portugal im Jahr 1822. Zahlreiche neue Siedlungen unterschiedlicher Nationalitäten unterstreichen die politische Bedeutung der Region Santa Catarina. Als 1894 rebellierende Gaúchos eine Militärjunta in der Inselhauptstadt errichten, werden sie von General Floriano Peixoto vertrieben. Ihm zu Ehren benennen die Bürger ihre Stadt um in Florianopolis.